Có rất nhiều tác nhân gây lây truyền qua đường tình dục có thể gây viêm niệu đạo ở nam giới. Tác nhân vi trùng bao gồm: Lậu (Neisseria gonorrhoeae), Chlamydia trachomatis, Ureaplasma urealyticum và Mycoplasma hominis. Tác nhân vurus thường gặp là HSV và HPV. Tác nhân khác là Sinh vật đơn bào Trichomonas vaginalis.